홋카이도(비교)

무로마치 시대(1336년~1573년)에 일본인들은 오시마반도의 남쪽에 시노리다테와 같은 일련의 요새화된 거주지를 건설했다. 더 많은 사람들이 전란을 피해 정착지로 이주해오면서 일본인과 아이누인 사이에 분쟁이 일어났고, 이는 결국 전쟁으로 발전했다. 다케다 노부히로는 1457년 아이누의 지도자 코사마인을 죽이고 반대파를 물리쳤다. 노부히로의 후손들은 아즈치모모야마 시대와 에도 시대(1568년~1868년)에 아이누족과 독점적인 무역권을 부여받은 마쓰마에번의 통치자가 되었다. 마쓰마에 가문의 경제는 아이누족과의 무역에 의존했다. 그들은 에도 시대 말까지 에조치의 남쪽을 지배했다

아이누에 대한 마쓰마에 씨족의 통치는 일본 봉건국가의 확대라는 맥락에서 이해되어야 한다. 혼슈 북부의 중세 군사 지도자 (ex. 후지와라 북부는 후지와라 막부 및 그 대리인 가마쿠라 막부, 아시카가 막부와는 정치적, 문화적 유대관계가 희박했다. 봉건적 강자들은 때때로 중세 제도적 질서에 자신들을 위치시켜 막부 직함을 취하기도 하고, 다른 때에는 외국인 정체성을 주는 직함을 취하기도 했다. 실제로 봉건 강자들의 상당수는 일본 사회에 동화된 에미시 군사 지도자들의 후손이었다. 마쓰마에 씨족은 다른 일본인과 마찬가지로 야마토 씨족이었고, 혼슈 북부의 에미시 씨족은 아이누족과 구별되는 종족이었다. 에미시족은 8세기까지 거슬러 올라가는 일본의 국가로 정복되고 통합되었고, 그 결과 그들이 소수 민족이 되면서 그들의 독특한 문화와 민족성을 잃기 시작했다. 마쓰마에 가문이 아이누를 지배할 무렵, 대부분의 에미시 가문은 아이누 가문에 비해 일본인과 인종적으로 혼혈되어 있었다. 이로부터 "변신" 이론은 조몬족이 야호쿠 지방으로 유입되면서 조몬족이 점차 변해갔다고 가정하고, 조몬족이 야호쿠 지방으로 대체되었다고 가정하는 "대체" 이론과 대조된다.

봉건 통치에 대한 아이누인들의 수많은 반란이 있었다. 마지막 대규모 저항은 1669년부터 1672년까지 이어진 샤쿠샤인의 반란이었다. 1789년, 메나시-쿠나시르 반란이 진압되었다. 그 반란 이후, "일본인"과 "아이누인"이라는 용어는 명확하게 구별되는 집단을 의미했고, 마쓰마에족은 분명히 일본인 측이었다.

존 A에 따르면. 1868년 이전에 일본은 홋카이도, 사할린, 쿠릴 열도를 영유권 주장으로 근접성을 사용했지만, 일본은 그 지역을 실제로 탐험하거나 지배하거나 착취한 적이 없었고, 러시아의 북동 태평양 지역으로의 이동과 캄차카, 사갈리엔, 그리고 쿠릴 열도에 대한 러시아의 정착에 의해 이러한 주장은 무효화되었다.

메이지 유신으로 이어지는 동안, 도쿠가와 막부는 러시아의 침공에 대비하여 북부 방어의 필요성을 깨닫고 에조치의 대부분을 장악했다. 많은 일본 정착민들은 아이누인들을 "비인간적이고 개의 열등한 후손"으로 여기며 차별대우했다. 막부는 또한 아이누족에게 다양한 동화 정책을 시행하여 이들의 정체성은 빠르게 사라져 갔다.