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나무위키는 따로 출처를 요구하지 않는만큼 신뢰성과 전문성 면에서는 약점이 많다. 나무위키에 작성되는 대부분의 문서는 합리적인 출처 요건을 충족하지 못했으며, 출처로 대체되는 정보는 디시인사이드, 개인 블로그 등에서 발췌한 2차 정보에 해당한다. 따라서, 대부분의 문서에 기입된 내용은 특정 개인의 이해 관계 및 주관이 상당히 강하게 들어가 있기에, 그 신뢰성과 내용의 정확성에는 상당한 문제가 있다.

내용의 부정확성에 더불어, 출처가 의심스러운 내용을 통해 혐오를 재생산한다는 비판 또한 받는다.

나무위키에 등재된 수많은 문서는 해당 용어의 뜻과 발생 연원을 정리하는 것을 넘어, 해당 용어의 사용을 정당화하기 위한 내용이 상당 내포되어 있으며, ‘조선족’, ‘일본인’, ‘페미니즘’ 등의 문서에는 충분한 근거가 없이 해당 문서의 내용 대상을 비난하는 글이 존재한다는 비판이 일각에서 제기되고 있다. 이러한 문서에 적시된 혐오 표현, 내용에는 신뢰할 수 있는 출처와 근거가 없으며, 대부분이 디시인사이드와 개인 블로그 등의 발췌로 날림 처리가 되어있는 경우가 있기도 하며, 대부분은 편집자의 주관이 강하게 들어가 있다. 그 외 인종차별, 성차별, 개발도상국 차별, 사회적 지위에 따른 차별 등을 정당화하는 내용이 주류를 형성하고 있어 사회적 문제로 되고 있다.하지만, 나무위키 역시 이 비판을 인지하고 있으며, 점점 출처가 제시되지 않은 내용이 토론 합의에 의해 삭제되고 있다. 나무위키 토론 합의 규정에 따르면, 의견차이로 인해 또는 편집 방향이 너무 편향적이라고 주장하는 유저들에 의해 편집 분쟁이 발생하는 부분이 있는 경우 이 부분이 삭제된 채로 토론이 발제되고, 분쟁 대상 부분을 존치할 정당성을 주장하기 위해 합당한 근거(일반적으로 제도권 언론 및 그 이상의 근거)를 제시해야 하며, 그렇지 않은 경우 삭제된다. 실제로 나무위키의 '혐중', '혐일' 등 특정 국가를 혐오하는 문서에서는 편집지침/특정 분야의 8.1문단에서 명시한 바 비판하는 서술과 중립적 서술만 허용되며, 옹호하는 서술이 금지되어 있으며, '착짱죽짱' 역시 토론합의로 인해 옹호적 서술이 전면 금지되어 있다.

나무위키는 인터넷에서 차지하는 영향력이 큼에도 그 내용에 있어서 신뢰성이 떨어진다는 비판이 있다. 또한 출처 기재에 대한 강제성이 존재하지 않기 때문에, 이를 해결하기 위해 2016년부터 문서의 작성을 일정기간 제한하는 '임시조치'를 시행하고 있으나 해당 문서는 임의로 다시 게시될 수 있으며 문서에 포함된 잘못된 정보들이 역사란에 노출될 수 있다. 또한 이런 사실을 당사자가 즉각적으로 아는 것은 쉽지가 않다. 이런 내용에 대해 누군가 중립적인 방향으로 수정을 시도하더라도 다른 의도를 가진 이들에 의해 기존의 내용으로 되돌려지거나, 오히려 객관적인 내용으로 수정을 한 사용자의 편집이 신고를 통해 제한되기도 한다. 또한 특정 인물과 단체, 나무위키의 사용자 등에 대한 명예훼손성 서술을 저지른 가해자를 특정하기 어렵다.

특정 인물에 대해 좋지 않은 감정을 갖고 있는 편집자 및 특정 세력이 집단적으로 해당 인물에 대해 악의적인 서술을 하거나, 사실로 드러나지도 않은 루머를 사실처럼 적어서 사회적 매장 및 조리돌림을 조장할 수 있다. 반대로 특정 인물에 대해 호감을 가진 편집자 및 특정 세력은 해당 인물에 대해 무조건적인 칭찬만 서술할 수도 있다. 이중에서도 특히 문제가 더 심한 것은 전자인데, 이는 해당 인물에 대한 사이버 불링을 유도할 수 있기 때문이다. 나무위키 내에서도 이러한 문제점을 인지하고 규정상으로 명예훼손성 서술인 신문고성 서술을 금지하도록 해놨으나, 현재도 명예훼손성 서술이 일어나고 있다.

그러나 나무위키의 관리자와 운영진은 위와 같은 문제에 대해서 규정 관련 외에 별다른 조치를 취하고 있지 않으며, 당사자에 의한 등재 금지 조치는 받지 않으며 임시조치 요청만 받고있다. 임시조치는 특정 인물에 대한 투명성 보고서를 통한 권리침해 신고가 들어오면 투명성 보고서를 통해 임시조치로 문서가 편집 금지되고, 30일이 지나면 문서가 삭제되지만, 이전에 이의제기가 들어올 경우 당사자의 의사 없이 문서가 복구된다. 말 뿐인 규정이라며 여러 사용자들 및 네티즌들이 비판하고 있다. 2018년 5월부터 현재까지 매월 1번 이상 권리자들이 임시조치를 진행하여 허위사실적시 명예훼손적 내용이 포함되거나, 원하지 않는 개인정보 및 사생활이 적혀있다는 이유로 나무위키를 비판하고 있고, 특히 2020년 11월을 제외하면 2020년에 매월 임시조치가 된 문서 수가 10개 이상인 점을 통해 이러한 비판은 더더욱 피할 수 없게 됐다. 혐오와 차별, 선입견에 기초한 항목들이 작성되나 이 문제에 대한 책임을 지는 주체가 없다는 점이 또 다른 문제이다.

소수의 사용자가 문서를 편집할 때는 잘못된 내용이 그대로 방치될 수 있고, 편집자의 증가로 인해 편집 분쟁이 일어나면 문제를 해결하기 위해 토론을 거치지만 주장의 옳고 그름에 상관없이 다수의 의견이 부당하게 유리해지는 경향이 있다. 다수의 의견이 반영된 합의안에 따라 기존의 기여자는 강제로 합의안을 따라야 하며, 불복하면 재토론을 요청할 수 있다. 토론이 치열해지면 토론을 시작한 사람이 입증과 반박을 계속해야 된다는 문제점이 있다. '프로토로너'라는 전략적인 토론을 잘하는 사람을 일컫는 신조어가 있을만큼 심각한 단점이다. 장기간 합의안이 도출되지 않으면 중재자가 개입하지만, 중재자마저도 합의안을 도출하기 힘들다고 판단하면 사측에 문의해 강제로 결론 도출을 요청할 수 있다. 그러나 이보다는 이러한 분쟁의 대안 및 해결책을 찾기 위해 의견이 갈리는 부분들에 대해서는 편향되지 않고 더욱 중립적으로 기술하는 중립적 관점과 여러 의견을 수용하는 다중 관점 등을 적용하여 토론 합의를 끝내는 경우가 자주 있다.

현재 나무위키는 Umanle S.R.L.이라는 파라과이 아순시온에 위치한 회사가 소유 및 운영을 맡고 있다. 하지만 나무위키 측 회사의 위치(파라과이), 본사 건물 위치와 사진을 제외하면, 회사의 지분 소유 구조, 경영진 등 해당 회사에 대한 어떤 것도 알려진 바 없다. 이와 관련하여, 나무위키 측은 한때 위키 사이트는 비영리이며, 나무위키 사용자 커뮤니티인 '아카라이브'에서만 수익을 내 사이트 유지 비용을 충당한다는 영리와 비영리가 혼재된 경영 방침을 내세우고 있었다. 그러나 2018년 들어 자금 부족을 이유로 '아카라이브' 외에 위키 문서에도 구글 애드센스 배너 광고를 전면적으로 부착하기 시작했다. 그런데 그로 인한 수익과 그 사용 내역은 나무위키 게시판이나 우만레 홈페이지 그 어떠한 곳에서도 공개를 거부하고 있어, 불투명한 소유·운영 구조와 맞물려 CCL 위반과 탈세 의혹 제기가 계속되고 있다. 나무위키의 법인이 소재한 파라과이는 아동 및 청소년을 포함한 성인물도 합법이며, 명예훼손도 한국보다는 느슨하다.

2017년 우만레가 나무위키에 광고를 부착하기 시작해 영리화 논란이 발발됐다. 이것이 문제가 된 이유는 우만레가 namu로부터 나무위키를 인수할 때 나무위키를 영리화시키지 않겠다고 선언했기 때문이다. 리그베다 위키 시절부터 이용해온 사용자들 다수는 우만레의 이러한 행보에 반발하여 나무위키를 떠나기도 했다. 또한 나무위키 설립자 namu 또한 우만레에 반발하며 알파위키를 설립했다.

나무위키는 운영사가 파라과이에 위치해 있다는 이유로 개인정보 처리방침을 나무위키를 이용하는 유저들이 주로 사용하는 언어인 한국어가 아닌 파라과이의 언어인 스페인어로 표기하고, 개인정보 수집에 대한 이용 동의를 하지 않고 있다는 논란이 있다.